青海省伊斯兰教经学院经省政府批准，于1985年3月成立，设办公室和教务科，分别负责日常行政事务和教学工作。原青海省政协副主席、省伊斯兰教协会会长韩生贵兼院长，省政协副主席、省伊斯兰教协会会长、东关清真大寺教长马长庆兼副院长，安发福为主持工作的副院长。历任主持工作的副院长有马丕显、马有诚、马文才。

经学院现有在职人员7名，其中：专业教师6名，管理人员1名；本科6名，大专1名；参加埃及艾资哈尔大学进修学习2名。聘请老师14名，其中，著名的大阿訇8名，主要担任宗教经典课；长期从事民族宗教工作的专家学者6名，主要担任政策法规、文化知识课等。

本科班学制5年，大专班学制3年，在校学生60名。先后组织举办本科班1届、大专班3届、阿訇进修班25期、阿訇研讨班2期，培养本科生19名，大专生81名，培训在职阿訇892名。2004年恢复了大专班招生，录取学员60名，分别于2007、2009年毕业。2010年举办了一期伊斯兰教界“解经”骨干培训班，全省100名在当地有影响、在重点清真寺开学、比较年青的阿訇作为骨干参加培训。

宗教经典课主要有：教义学、教律教法学、古兰经学、圣训学、逻辑学5门学科13门课程；文化知识课主要有：党的民族宗教政策、《宗教事务条例》、《青海省宗教事务条例》、《青海省朝觐工作管理办法》、《汉语文》、《阿拉伯语》、《阿拉伯简史》、《中国简史》、《政治》、《写作》、《地理》、《电脑基础知识》、《体育》、《穆斯林爱国主义教程》、《新编卧尔兹演讲》等。

根据中国伊斯兰教协会、全国伊斯兰教经学院统编教材编审委员会的要求，经学院组织人员编写了全国经学院统编教材《教义学大纲新解》，经中国伊协和宗教文化出版社审议通过，正在出版印刷之中。

经学院作为培养爱国爱教宗教教职人员的重要基地，先后近千人参加了培训学习，绝大多数成为宗教活动场所的重要教职人员和管理人员，有些成为各级人大代表、政协委员和伊协负责人。在“5.12”和“4.14”地震中，积极发动和组织穆斯林群众踊跃捐款捐物，奉献爱心。

该经学院至今无独立的教学场所。