在欧亚科技文化汇流的良好的文化环境之中，回鹘人发展了自己的医药事业。中医古籍《黄帝内经·素问》中记载着西域地区的人民早已掌握了某些疾病的原因和治疗的方法。

从汉代以后，中原医学在吐鲁番盆地和塔里木盆地得到传播。印度医学著作《龙树菩萨药方》也在这里得到传播。隋唐以后，《婆罗门药方》、《释僧医针灸经》也传入回鹘地区。公元8世纪，于阗著名回鹘医师占巴希拉被藏地邀请，参加医学典籍的编纂。《西州续命汤》是吐鲁番一带各族人民与疾病作斗争所总结的医学成就。五代、北宋时期的吐鲁番盆地和塔里木盆地出产的各种药材常运往内地。在元代，畏兀儿的军医月举连赤海牙在四川合州钓鱼山奉命制药“以疗师疫”。翻译家安藏曾将《难经》、《本草》译成回鹘文。有些针灸医疗文献也被译为回鹘文。中世纪中亚著名突厥伊斯兰哲学家、医学家伊本西那的《脉书》的内容也与我国晋代太医令王叔和所著《脉经》的内容有惊人的相似之处。

喀喇汗王朝的医疗卫生事业已有进步，成为专门行业。《突厥语大辞典》中有关于内科、外科、眼科及兽医的医药学用语，说明当时的医学已在分科。当时的医生已经知道用一种草药来作安眠药，用人参来治疗性机能衰退，用马尾编织的眼罩治疗眼病，妇女分娩时有专门的接生婆接生。阿维森纳的医学理论也在喀喇汗王朝的喀什噶尔地区传播开来。从出土文献来看，维吾尔族的医学受中原汉地医学的影响，同时也汲取了印度、中亚及近东医学的许多内容，形成了具有自己特点的医学理论和医术实践。传入新疆地区的汉医理论和印度的医学理论，在规范和使维吾尔医理论系统化的过程中，也曾起过重要的作用。德国吐鲁番考古队曾于1905—1907年间从高昌汗国遗址中发掘出两种回鹘文医学文献。其中一个文献中涉及的临床各种疾病、症状共41种。治疗疾病的各种动物药、植物药、矿物药及加工药共92种。除了用药物治疗疾病外，回鹘人把食物也视为药物，对症进食，对某些疾病进行治疗，或滋补身体。

维吾尔族的医学理论是基于其哲学思想基础上的。维吾尔族的先民在用万物有灵论解释宇宙万物及现象的产生、变化和发展的过程中，认识到自然界的火、气、水、土是万物之源。人在自然界的生存环境，地球上所有生命和物质的起源，乃至人体所患的各种病痛都与自然界的四大要素火、气、水、土有密切联系。这种认识进而演化成了四大物质学说，成了维吾尔族医学的理论基础。维吾尔族医学认为，四大物质在人体中产生四种属性，即热、湿、寒、干。这些属性是对人体不可或缺的主要因素。

这四种属性既存在于人类机体中，也存在于动物和植物中。四种属性在人体内相互对立作用的结果。由此而产生了维医的气质学说。维医理论认为：一个人的面容、肤色、体型、个性以及情绪、生活习惯、心理状态都和这个人的气质相关。维医理论中除了气质学说之外，还有体液学说和器官学说。关于地域、环境、季节和人的气质之间的关系，维医理论把世界分为六个区域，每个区域都有自己相应的区域性气质。而新疆则为第六种区域，属于塞。气质为湿寒，秋季气质为干寒。

维医学说非常重视同人体的健康有着直接关系的良好的生活环境、饮食、合理的工作和休息等，认为这是维持人体健康所必需的。所以维吾尔族很重视个人和环境的卫生和美化，以便维持身体与外部环境的正常统一与和谐。

和中国传统的中医相一致，维吾尔医在对病人的病情进行诊断时，用望诊、听诊、听诊、脉诊等方法。望诊是望病人形体、神态、口舌、呼吸等，作出初步诊断。听诊则根据患者声音之高低强弱及咳嗽轻重清浊等表现作为病变之参考。问认是通过与患者谈话了解病状、病史。脉诊则是根据患者的脉象之急或缓、均或不均、热或凉、强或弱而测知全身之状况，为治疗提供依据，对症下药。

流行在吐鲁番地区的埋沙疗法是维医的又一特殊的治疗方法。这种疗法采用吐鲁番特有的天然细沙，对某些疾病进行治疗康复。沙疗法在吐鲁番地区流行已有一百多年的历史。归初是当地人民有了腰酸腿痛的病症时，就用沙疗来除病驱疾。近几十年来，这种沙疗法已广为人知，在吐鲁番还设立了沙疗所，接待和治疗来自全国乃至国外的患者。患者在治疗之前首先要进行体检，只有身体条件符合沙疗者方可在医师指导下进行治疗。每年的6至8月下旬，是沙疗的最佳季节。其适应症为各类关节炎、慢性腰腿痛及坐骨神经痛等。

新中国成立后，早在20世纪60年代，新疆卫生出版社就编写出版了用维文撰写的《维吾尔医常用药材》，20世纪80年代以来，先后成立了信医研究所、维吾尔医医院，并在乌鲁木齐、和田等地开办了培养维医人才的学校。第一部大型维医著作四卷本的《维吾尔医百科全书》已在新疆编纂出版。