1月1日 中国经学院96级学生到牛街清真寺进行教务实习活动，承担和主持了“主麻”聚礼的诵读《古兰经》、念“邦克”、讲“卧尔兹”、念“呼图白”、领拜等宗教仪式。

1月6日 中国伊协选派新疆选手艾拜都拉参加在埃及开罗举行的第六届国际《古兰经》诵读比赛。

1月7日 应巴基斯坦书法艺术展组委会的邀请，中国伊协图书馆副主任陈进惠、编辑部副主任李文彩参加在巴基斯坦拉哈尔市举行的第二届国际书法及书法艺术展。

1月8日 伊朗斋月诵经团来中国伊协参观访问。

1月11日 中国伊协在北京昆仑饭店举行开斋晚宴，各伊斯兰国家驻华使节和在京穆斯林学者和知名人士应邀出席晚宴。

1月12日 应摩洛哥宗教基金、伊斯兰事务大臣阿卜杜·凯比尔的邀请，中国伊协副会长、新疆经学院院长买买提·色莱前往摩洛哥出席哈桑国王斋月演讲会。

1月15日 中国伊协向各地省级伊协发出通知，进行我国伊斯兰教界有关情况的统计。

1月24日 中国伊协副会长兼秘书长宛耀宾、副会长马贤、阿伊明、马云福、夏米西丁和中国经学院部分师生应邀参加了沙特阿拉伯大使馆举行的“沙特百年国庆”招待会。

2月2日 突尼斯驻华大使穆罕默德·蒙吉·拉比卜拜访中国伊协，副会长兼秘书长宛耀宾，马云福会见客人。

2月10日 中共中央政治局常委、全国政协主席李瑞环邀请全国性宗教团体领导人到中南海举行迎春座谈。中国伊协副会长宛耀宾参加座谈会。

3月3月 中国伊协主编的《卧尔兹演讲集》出版发行。该书收录汇编两届“全国卧尔兹演讲比赛”的讲稿，分教义、教法、教育及伦理道德等八个方面，近30万字。

3月 1999年有组织朝觐工作开始，共有2084名穆斯林赴沙特完成朝觐功课。中国伊协派出以全国政协常委、青海省政协副主席韩生贵为团长的“中国穆斯林朝觐 团”和以中国伊协副会长阿依明为团长、国际部主任杨志波为秘书长、阿迪力、常清亮、韩积善、刘长生为团员的11人中国朝觐工作团。

3月27日 中国伊协举行“古尔邦节招待会”，共有中外宾客约250人左右应邀出席。

4月20日 应北京市人民政府邀请，沙特阿拉王国利雅得地区长官萨勒曼·本·阿卜杜—阿齐兹亲王一行20余人，在北京市副市长张茅陪同下访问中国伊协。

4月26日 著名回族历史学家白寿彝教授90华诞暨他主编的多卷《中国通史》全部出版。江泽民、李鹏、李瑞环、李岚清分别致信、致电表示祝贺。

4月 由中国伊协和经济日报社合作出版的《布哈里圣训实录全集》出版发行。全书共九卷97章160万字，收录圣训9082段。

4月—6月 中国伊斯兰教经学院举办首届阿拉伯书法比赛。

5月6日 中国伊协副会长马贤会见伊朗伊斯兰文化科学联盟副主席默哈木德诺尔曼。

5月8日 包括中国伊协在内的全国五大宗教团体就以美国为首的北约悍然用导弹轰炸我国驻南斯拉夫大使馆的野蛮行径联合发表抗议信。

5月10日 中国伊斯兰教经学院学生前往美国驻华使馆门前游行示威，抗议以美国为首的北约悍然用导弹轰炸我国驻南斯拉夫大使馆的野蛮行径。

5月11日—14日 第三届全国《古兰经》朗诵比赛在京举行。全国29个省、市、自治区，以及中国伊斯兰教经学院、新疆生产建设兵团推荐的105人参加了初赛，有42名选手参加在北京举行的正式比赛。

5月28日 马贤顾问应日本伊斯兰教中心的邀请，出席了“远东与伊斯兰世界：日本与伊斯兰的关系”国际研讨会。

5月28日 中国伊协副会长马云福会见马来西亚朝觐事务机构宗教部主任达图·阿兹米博士。

6月9日 中国伊协干部职工和中国经学院全体师生前往“中国革命博物馆”观看“邵云环、许杏虎、朱颖烈士英雄事迹展览”。

6月22日 中国伊协副秘书长、编辑部主任马忠杰，应邀出席在埃及首都开罗召开的伊斯兰事务最高理事会第十一届大会。本次大会主题是“振兴伊斯兰世界的文明工程”。

6月22日—7月1日 中国伊协副会长马贤应邀出席伊朗第十二次伊斯兰团结世界会议。会议中心议题是“21世纪的伊斯兰教和伊斯兰民族”。

6月 应马来西亚伊斯兰研究院邀请，中国伊协副会长夏米西丁参加了在吉隆坡召开的非穆斯林国家穆斯林权益研讨会。

7月11日 全国政协第五、六、七、八届委员，第六、七届常委，中国伊协顾问艾买提·瓦吉地归真，享年93岁。

7月14日 安士伟大阿訇归真一周年纪念会在京举行。

7月 中国伊协副会长马贤随中国宗教界和平委员会赴约旦参加“世宗和”第七次会议。

8月2日—9日 应中国伊协邀请，以香港中华回教博爱社主席脱志贤、香港中国回教协会主席李伦杰为团长的香港穆斯林访问团一行15人来北京、内蒙等地参观访问。中央统战部副部长、国家民委主任李德洙同志、内蒙自治区政协副主席谭博文同志先后接见该团成员。

8月11日—22日 应中国伊协邀请，伊斯兰发展银行行长助理、特别援助与奖学金办公室主任苏来曼博士等2人于来华考查申请援助项目。

9月3日 伊朗总检查长阿叶图拉·穆革台达易拜会中国伊协。

9月4日—10日 应中国伊协邀请，以香港伊斯兰联会主席石辉、澳门伊斯兰会主席马伯衡为团长的内地防问团一行16人来北京、上海等地参观访问。国家宗教局副局长王作安、中央统战部二局副局长蒋坚永分别会见该团成员。

9月6日 埃及宗教部长马哈茂德·哈穆迪·泽格祖葛一行6人拜访中国，在伊协礼堂做了题为“21世纪的伊斯兰教”的演讲。

9月7日 中国经学院聘请第二外国语大学苏丹籍专家穆罕默德·奥贝德教授来校授课，逐步提高学生阿拉伯语水平。

9月21日 中国经学院组织第十期阿訇进修班学员和98级、99级在校生到天安门广场观看升旗仪式，接受爱国主义教育。

9月24日 中国伊协干部职工和中国经学院96级、97级全体学生到北京展览馆参观“辉煌五十年”大型展览。

9月28日 文莱宗教部部长穆罕默德·扎义德一行3人对中国伊协进行工作访问。

9月25日 中国伊协代表大陆两千万穆斯林向遭受地震灾害的台湾同胞捐款5万元人民币，并致信台北清真大寺向灾区人民表示慰问。

9月底 为庆祝建国50周年，喜迎澳门回归，中国经学院举办了“庆国庆，迎回归书画展”。

10月 为庆祝中华人民共和国成立五十周年，中国伊协举办一系列庆祝活动，《中国穆斯林》杂志出版国庆特辑，回顾中国伊斯兰教五十年风雨历程。

10月 中国伊协致信庆贺香港回教协会成立五十周年。

10月6日 几内亚总统第二夫人哈加·卡加拉一行6人拜会中国伊协。

11月18日—25日 应沙特朝觐部邀请，以中国伊协副会长兼秘书长宛耀宾为团长的朝觐工作代表团对沙特进行工作访问。

12月1日 伊朗副总统穆罕默德·哈希米一行六人拜会中国伊协。

12月 《中国穆斯林》杂志发表“迎澳门回归 展世纪宏图”专题文章，庆祝澳门回归。

12月 印尼总统瓦希德应邀来华访问期间，在牛街礼拜寺会见了中国伊协副会长兼秘书长宛耀宾、副会长阿伊明、马云福和北京市伊协会长陈广元及牛街礼拜寺薛天利阿訇等伊斯兰教人士。

12月9日 全国高校阿语翻译比赛颁奖大会在经贸大学举行。中国经学院98级学生马维勇获得二年级组第一名，97级冯宝全、96级穆卫宾、马有斌获得第三名。