建水县城区清真寺建于元代皇庆年间(约1312～1313年)，距今已有700多年的历史，是云南建筑年代最早的清真寺之一，属典型的中式四合院建筑风格。清真寺现有宗教教职人员9人，为周边近3,000名穆斯林群众提供宗教服务。清真寺院落整洁卫生，中国殿堂式建筑风格典雅，与周围环境相协调。清真寺发扬伊斯兰文化和儒家文化相互融合传承发展的优良传统，将伊斯兰教的圣训和人生哲理，用通俗易懂的话语雕刻在石栏、墙壁和木栏上，既有利于穆斯林群众理解教规教义，又方便前来参观的群众了解伊斯兰教。

建水县城区清真寺坚持爱国爱教的优良传统，教育引导穆斯林群众热爱祖国、知法守法。将爱国主义教育融于日常教育中，举办重大活动时坚持奏唱国歌，在国庆节组织举行升国旗仪式。组织教职人员和信教群众观看国庆60周年、65周年和建党90周年庆典，坚定对伟大祖国的热爱，维护团结稳定的良好局面。充分利用法制宣传教育培训会、宗教政策法规学习月、主麻日宣讲和“卧尔兹”演讲等时机，组织教职人员和信教群众认真学习宗教政策法规，将伊斯兰教的教义教规与党和国家的政策法律法规以及社会主义社会核心价值观相融通，引导穆斯林群众正确处理国法与教规的关系，积极弘扬社会主义核心价值观。

城区清真寺充分发挥地处县城中心的优势，教育引导教职人员和穆斯林群众坚持独立自主自办原则，坚持伊斯兰教中国化方向，反对分裂和渗透，反对邪教和极端思想;牢固树立“三个离不开”思想，增强“五个认同”意识，反对一切破坏民族团结、歪曲宗教教义和传播极端思想的言行，不参加非法集会、游行等扰乱社会秩序的活动。昆明“3•01”事件发生后，按照党委、政府的要求，对教职人员、经学生和外来人员进行排查，实行24小时值班，了解外来人员的动态，积极做好预防工作。同时对群众进行涉恐安全教育，引导群众认识极端思想和恐怖主义的危害。

清真寺按规定建立健全了人员、财务、消防、资产、学习等管理制度，明确寺管会成员职责，规范财务管理，按照制度和要求做好清真寺的各项管理工作。近年来，清真寺以开展“教风年”和“规范年”主题创建活动为契机，积极推进教职人员教风建设。从自身学习、思想品德和现实表现等方面对教职人员加强管理，教职人员模范遵守宗教政策法规和教规教义，潜心修持和恪守职份，带动穆斯林群众维护伊斯兰教的良好形象。清真寺严格按伊斯兰教教义教规和宗教政策法规开展宗教活动，做好安全保卫工作，尊重周边各族群众，确保宗教活动有序安全，不影响周边兄弟民族的生产生活。在清真寺举办活动或宗教节日活动时，注重听取社区的意见，邀请社区人员和代表参加，让他们了解伊斯兰教，促进互相尊重、互相理解、相互宽容、共同发展。

清真寺教育引导穆斯林群众在端正信仰、坚定信仰的同时，懂得感恩，回报国家和社会，增强责任意识，积极投身国家建设，为经济社会发展做贡献。在“5•12”汶川大地震后，及时组织穆斯林为灾区人民捐款20万余元。与临安镇五龙社区开展了“民族团结进宗教场所”“宗教慈善周”等活动，自筹资金12,000余元，与社区共同走访慰问了困难和残疾人家庭;组织穆斯林为鲁甸地震灾区捐款15,000余元;每年斋月期间，慰问山区贫困人员，鼓励群众自力更生，脱贫致富。

建水县城区清真寺的工作得到了县委、县政府和上级部门的肯定，获得了穆斯林群众及周边各族群众的好评，成为建水县宗教活动场所爱国爱教、遵守政策法规和民族团结、宗教和顺的模范，先后被红河州宗教局评为“和谐宗教活动场所”,红河州委、州政府命名表彰为“平安宗教活动场所”先进单位，2015年被云南省民宗委命名表彰为“云南省和谐寺观教堂”。